学童疎開していた次兄の昭と予科練に志願した長兄・浩二が帰ってきた。家族みんなで励ましあって生活を始めるが、あらたな悲劇が襲ってくる。幼い妹・友子がすでに原爆症に侵されていたのだ。戦後を力強く生きるゲンの姿を描く「はだしのゲン」シリーズ第3作。

原爆によって父、姉、弟を失ったゲンは、被爆直後に生まれた妹・友子と母のために食べ物を求めて歩き回るが、人々はピカにやられた者に冷たかった。
差別を生みだす被爆の残酷さを描く「はだしのゲン」シリーズ第2作。

1945年（昭和20年）8月6日、午前8時15分。ゲンは学校へ行く途中だった。
空襲警報がならないまま市内上空に飛来したB29が新型爆弾を投下した直後、強烈な白い閃光が走り、続いて巨大なきのこ雲がいっきに広がった。ゲンは運良く助かったが、街は猛火と黒煙の中でその姿を一変させていた。